Assolutamente mai vista una cosa del genere, ma sembra un guaio introdotto dal blender (bug??).
Per fare una riprova, in "create panorama" attiva solo le immagini strettamente necessarie pre ricostruire quella zona, e crea la pano. Vedi se il problema si ripresenta.
Proprio oggi pomeriggio. Un fotogramma (cielo pieno) non era stato collegato al resto della matrice di fotogrammi. Quindi PTGui lo aveva piazzato (default?) al centro della scena, ed il blender aveva tirato fuori questo strano effetto. Dico questo perche' ho lanciato PTGui con il fotogramma colpevole attaccato al resto dell'immagine al posto giusto e tutto e' a posto.
In effetti ti avevo chiesto di selezionare solo le immagini interessate per verificare se c'erano fotogrammi fuori posto e/o troppo sovrapposti. A me è accaduto di avere artefatti strani quando troppi fotogrammi intervengono sulla stessa area di immagine.